Contraindicada en casos de hipersensibilidad a la budesonida, tuberculosis, infecciones micóticas o virales en vías respiratorias, osteoporosis, cataratas, glaucoma, broncoespasmo, durante el embarazo y la lactancia. Su administración prolongada puede detener el crecimiento y desarrollo de los niños; también puede producir efectos sistémicos de tipo glucocorticoide y signos de insuficiencia suprarrenal. Su administración por vía oral está contraindicada en casos de úlcera péptica, diabetes mellitus, hipertensión. El jugo de uva incrementa al doble la posibilidad de supresión al cortisol que produce la budesonida. Cimetidina, itraconazol, ketoconazol, eritromicina y claritromicina aumentan sus concentraciones plasmáticas. Disminuye el efecto del bupropión. Con amiodarona se incrementa el riesgo de desarrollar el síndrome de Cushing.